El rey Pedro III, en un documento fechado el dia 22 de octubre de 1290, pone en conocimiento de los judíos que estén dispuestos a acudir a Albarracín, que el alcaide Lope de Gorrea, a quien había encomendado la empresa, les asisgnaría viviendas en el barrio de la torre de Entrambasaguas, frente a la hoy Plaza de la Comunidad, colíndante con una de las puertas de la muralla, el Portal del Agua, y se beneficiarían de las libertades forales. Este deseo no tuvo éxito, siendo en 1326, cuando ya existía una aljama o comunidad con instituciones propias. En 1385 los judíos adquieren unos terrenos próximos a la torre de Doña Blanca, antigua atalaya, donde levantarían sus viviendas. La sinagoga de pequeñas dimensiones -ocho brazadas se longitud y siete de anchura- (13,3 x 11,6 metros), es clausurada en el año 1416 por oden del papa Benedicto XIII, tras la Disputa de Tortosa, construyéndose posteriormente y en su solar la hoy Ermita de San Juan, obra del siglo XVII (actual Museo municipal). En la persecusión de 1391, el barrio judío fue asaltado y fueron asesinados varios de sus moradores, por lo que desde 1399, pagaban una tasa anual de 250 sueldos barcelones "por razón de protección", es decir, pagaban para que los mataran. En la década de 1420 constan cristianos nuevos bajo denominación familiar de Santa María.