El famoso impresor Cristóbal Plantin concibió el proyecto de editar otra Biblia políglota, y por medio de su protector el cardenal Granvela, se aseguró la intervención del rey de España, Felipe II, quien le otorgó un subsidio de 12.000 florines, que había de reembolsarse en ejemplares de la nueva obra. Le envió también Felipe II a Arias Montano para dirigir y vigilar los trabajos y para corregir las pruebas, el cual llegó a Amberes el 15 de Mayo de 1568, llevando consigo la versión latina del Tárgum sobre los profetas hecha en Alcalá y un manuscrito hebreo muy antiguo de su propiedad particular. Arias Montano fue ayudado en sus trabajos por Andrés Maes, Francisco Lucas de Brujas, Guido Lefevre de la Boderie y su hermano Nicolás, Francisco Ravienghein y por el jesuita padre Juan Willem (Harlemio). La impresión comenzó en Julio de 1568 y se terminó el 31 de Mayo de 1572. El papel y los caracteres eran mejores que os de la Políglota de Alcalá. La tirada fue de 960 ejemplares ordinarios, 200 mejores, 30 finos, 10 extrafinos y 13 en pergamino. Arias Montano pidió al papa san Pío V su aprobación; pero éste vaciló un poco por causa de la versión latina de Pagnino y de algunos tratados de Apparatus que parecían sospechosos y en los cuales se citaban con frecuencia el Talmud y Sebastián Munster. Se consultó a teólogos belgas y españoles, y el mismo Arias Montano fue a Roma a dar explicaciones al Papa. Pío V había muerto el 1 de Mayo y Gregorio XIII, que fue elegido el 12 del mismo mes, se mostró favorable a la obra, y dirigió a Felipe II un Breve el 20 de Octubre de 1572, en el cual llama a la Políglota de Amberes opus vere regium. Mas el Apparatus fue reimpreso del 2 de Agosto de 1572 al 14 de Agosto de 1573, con algunas modificaciones. A pesar de todo esto, el profesor de la Universidad de Salamanca, León de Castro, denunció a Arias Montano a la Inquisición española, acusándole de que había presentado la traducción de Pagnino como la versión más exacta del texto hebreo y griego y de que había recomendado recurrir a las fuentes originales, lo cual decía León de Castro que era contrario del decreto del Concilio Tridentino sobre la Vulgata. La Inquisición señaló en la Políglota algunas faltas reales, pero declaró que no eran suficientes para condenarla. La Políglota de Amberes fue bien acogida del público y aprobada por varias Universidades.