Tras la denuncia, el caso era examinado por los "calificadores", quienes debían determinar si había herejía, y a continuación se procedía a detener al reo. En la práctica, sin embargo, eran numerosas las detenciones preventivas, y se dieron situaciones de detenidos que esperaron hasta dos años en prisión antes de que los "calificadores" examinaran su caso. La detención implicaba el secuestro preventivo de sus bienes por la Inquisición, los cuales se utilizaban para pagar los gastos de su propio mantenimiento y las costas procesales, por cuyo motivo, en muchas ocasiones los familiares del acusado quedaban en la más absoluta de las miserias. Todo el procedimiento era llevado en el más absoluto secreto, tanto para el público como para el propio reo, que no era informado de cuales eran las acusaciones que pesaban sobre él. Podían pasar meses, e incluso años, sin que se le informase del motivo por el que estaba encerrado. El preso permanecía aislado, y durante el tiempo que duraba su prisión no se le permitía acceder a misa ni a los sacramentos.