Una de las aljamas más antiguas de Castilla, obtuvo un fuero en 1099 que concedía a los hebreos iguales derechos que los cristianos y musulmanes, un privilegio que fue confirmado en 1304 por Fernando IV. Otros reyes castellanos, como Alfonso XI y Pedro I lo refrendaron en 1347 y 1351. Durante la guerra civil de 1360, los hombres de Enrique atacaron la judería matando a no pocos judíos. Pero posteriormente las autoridades de Burgos concedieron una serie de nuevos privilegios a los judíos, como el derecho a tener sinagogas y trabajar los domingos en sus casas o en talleres cerrados. En 1485 tuvieron que abonar un tributo especial de 107 castellanos para contribuir a financiar la guerra contra el reino de Granada. Cuando fueron exilados en 1492, los judíos vendieron a la comunidad tanto el osario como la sinagoga, posiblemente situada en la actual calle La Fuente, que se convirtió en iglesia. El resto de los bienes hebreos pasó a ser propiedad del Concejo. La calle al lado del río, hoy denominada Independencia, fue conocida popularmente como “calle de los Judíos”, que iba desde el puente sobre el Ebro, como ahora, hasta una de las puertas de la villa, la conocida como Puerta del Valle, hoy desaparecida. El barrio judío estaba formado por esta calle y sus transversales, calle de las Tenerías y travesía de la Fuente, que conservan sus nombres medievales. En una de estas calles estaría la Sinagoga, aunque existe una placa en la calle de la Fuente 18, que la identifica como tal. En el campo de concentración o internamiento, que existió después de la guerra civil española y durante la segunda guerra mundial, fueron concentrados muchos judíos europeos, que buscaban el paso para trasladar a América o a Tánger, así como para servir de puente a Portugal y de allí embarcarse para paises americanos.