Se sabe que el obispo de Toledo concedió a los judíos de esa ciudad castellana las mismas leyes e iguales derechos que a los cristianos. Pero, posteriormente, Alfonso XI, en la gran reforma legal que en febrero de 1348 sancionó en lo que es hoy esta importante ciudad madrileña, incluyó capítulos que afectaban negativamente a los hebreos. Después de la Expulsión, algunos conversos llegaron a dictar cátedras en la Universidad Complutense (la ciudad se llamaba Complutum de la época romana), famoso centro de estudios fundado por el Cardenal Cisneros, regente de España, a la muerte de Fernando el Católico. El sábado 7 de Agosto de e 1395 “dentro de la sinoga mayor de los judíos desta dicha villa”, estando allí en oración “larga gent de los judíos” de Alcalá, ante notario y testigos, “parescio y en la dicha sinoga Maestro Pedro, Fesico de nuestro señor don Pedro, Arzobispo de Toledo” y mostró e hizo leer carta de éste del 12 de Mayo anterior nombrando a dicho físico “nuestro Alcall e Juez mayor” de todas las aljamas judías del Arzobispado y ordenando a éstas que por tal le reciban. Don Abraham aben Xuxén y otros 17 judíos obedecen la carta pero ofrecen ciertos reparos, mientras gran parte de los otros judíos presentes manifiestan a grandes voces su conformidad con la carta del prelado y su disentimiento de la respuesta de Abraham aben Xuxén. Don Ramón Santa María publica en 1890 (BRAG, XVII, 184.189), un artículo sobre Edificios hebreos en Alcalá de Henares, a base del “Libro en que se aclara la Hacienda propia que goza la Dignidad Arzobispal de Toledo...”, conservado en el Archivo de la Vicaría de Alcalá de Henares, donde se guardan las escrituras originales “que darían seguramente mucha luz para limitar el barrio de los judíos, sus sinagogas, etc.”. La judería debería de estar enclavada en la zona de las calle Mayor, a la entrada del Adarve de Albornoz, el Corral de la Xinoga, y entre la calle Mayor y la de Santiago, donde tuvieron la carnicería en la calle Imagen.. Entre los números 35 y 36 de la calle Mayor, frente al Hospital de Antezana, se abre un callejón por el que se accede al “corral de la sinagoga”. En el lado izquierdo se abría la Sinagoga Mayor, cuya parte posterior daba a lo que ahora es el número 10 de la calle Carmen Calzado. Existía otra Sinagoga en la calle Santiago, en su número 22, junto al antiguo convento de Capuchinos, convertido hoy en el restaurante La Cúpula, un portalón da acceso a un amplísimo patio en cuyo derredor se alzan unas cuantas casas viejas, conjunto al que se llama en Alcalá “el barrio judío”. En su Universidad figuraron conversos como Alfonso de Zamora y Pablo Coronel, fomentándose los estudios hebreos, cuyo gran fruto fue la edición de la Biblia Políglota Complutense, la primera Biblia políglota impresa en el mundo. La aljama de los judíos de esta localidad, sin los judíos que moran en Cobeña, en el repartimiento hecho en 1474 por Rabí Jacob Aben-Núñez, juez mayor de los judíos y médico del rey Don Enrique IV, contribuyó con 3.300 maravedíes. La judería ocupaba lo que hoy es calle de Santiago, también conocida como calle de la Morería, y las calles de la Imagen y de Cervantes. También había judíos viviendo en la calle de los Tocinos, que iba de la plaza a los palacios arzobispales; en el Mercado, actual plaza de Cervantes; en la plaza de la Picota, cerca de la iglesia de Santiuste; y e la morería, lindando sus casas con el muro norte de villa. Las cartas de censo de la iglesia colegial sitúan también a los judíos viviendo en la calle de los Escribanos, en la calle Esparterías, en la calle de Maestro Pedro, en la calle del matadero y en la de los Roperos. La Sinagoga Mayor, se halla en el número 10 de la calle Carmen Calzado, y se accedía a ella por un corral que se llama de la Sinoga. La Carnicería se situaba entre la calle Mayor y la calle de Santiago. El cementerio estaba situado en el actual parque O´Donnell cerca de la ermita de San isidro y según otros testimonios en la puerta de Santiago, camino de Meco. Utilizando el padrón de judíos de Talavera de la Reina (Toledo), Fernando Suárez cifra la población judía de Alcalá de Henares en 1477-1478 en 336 vecinos pecheros, lo que daría lugar, empleando un coeficiente de 5 miembros por familia, a una población total de 1.680 judíos.