Se tiene conocimiento de la existencia de judíos en esta localidad durante el siglo XI. Su aljama se hallaba situada en torno a la calle o callejón de la Sinagoga, que desapareció en una transformación urbana de los años 1950/60. La Sinagoga ocupaba el solar donde ahora se levanta el grupo escolar Aurelio Prudencio, en la parte más alta de la ciudad, en la plaza Rasillo de San Francisco. Los reyes católicos en carta de 7 de Agosto de 1492 hacen donación a favor de la Catedral de Calahorra de la sinagoga que allí habían tenido los judíos con el fin de que fuera trocada en iglesia, su texto es el siguiente: “El Rey e la Reyna, | Por fazer bien e merçed a vos el dean e cabildo de la Iglesia cathedral de la çibdad de Calahorra, | por la presente vos fazemos merçed e donaçion de la synoga e casa de oraçion que en la dha. | cibdad tenian los judios e judias della e la dexaron por su yda nros. Reynos, para que della | podays fazer e fagays una yglesia de la advoçacion segund que a vosotros bien visto fuere. | Et mandamos al asystent e alcaldes e otros justiçias de la dicha çibdad que vos den e entreguen la | dha. Synoga e casa de oraçion de los dhos. Judios e judias, con la madera e fusta, e como e | segund que ellos tenias, e vos pongan e apoderen en la tenençia e posesyon della para que fagades la dha. Yglesia e vos la dexen e consientan facer. Et non fagan ende al so pena de | la nra. merced e de diez mill mrs. Para la nra. camara a cada uno que lo contrario fizieren. Fecha en la villa de Agreda, a siete dias del mes de Agosto de noventa y dos años. | Yo el Rey, Yo la Reyna, | Por mandado del Rey e de la Reyna. Fernand Alvarez (firma) | (Al pie) A la Iglesia de Calahorra de la synoga de los judios para facer yglesia”. Al dorso de este documento se lee: “presentado a 13 agosto 92 ante el bachiller G.º Ynes, asystente y Luys Ss alcalde por Pero Fernandes de Valladolid, canonigo, | asy como sindico procurador de los señores dean e cabildo, e obedeçieron la e dixeron” que se obligaban al cumplimiento y que darian respuesta. Al pie agrega: “Carta de merced del Rey don Fernando e doña Isabel de la yglesia de Sant Sebastian, que era sinagoga de los judíos”. Por ello se entiende que el Deán y Cabildo de la Catedral de Santa María de Calahorra hicieron de la Sinagoga iglesia de San Sebastián, en la Villanueva, alto de Calahorra. Posteriormente encontrándose en estado ruinoso (siglo XVI) se transformó en iglesia de San Francisco. Posteriormente se entrego a los frailes y Convento de San Francisco, los cuales en 1641 la deshicieron y rehicieron de forma diferente, con lo cual se borraron las huellas de la Sinagoga. El convento fue desalojado el 23 de junio de 1808 para que sirviese de cuartel durante la guerra contra los franceses. Hoy no resta la menor huella de su pasado judaico. Solamente en el Archivo de la Catedral se conserva abundante documentación sobre judíos, además de media docena de documentos hebreos y varios fragmentos bíblicos. En 1370 la reina de Navarra, doña Juana, tomaba bajo su protección a los judíos de esa ciudad. Además, existe un documento del siglo XIV, por el cual se dispone que todo el patrimonio del concejo de la ciudad "fijosdalgo, cibdadanos, judíos e moros e todos los otros vezinos" nombren en 1320 a dos cristianos y dos judíos como alcaldes y ordenadores en el asunto de los nuevos molinos que se proyectaba construir en los términos de la ciudad. Se recuerda una familia de hebreos ilustres, como los médicos Kolhari (es decir, de Calahorra), que luego se hicieron célebres al instalarse en Polonia.