Hijo de Pedro Ochoa de Santamaría, nacido en Burgos, de origen judío y Mari Pérez de Olalde, nacida en Mondragón (Guipúzcoa). Nació en Mondragón hacia el año de 1506. Desconocemos el nombre de su mujer, con quien ya estaba casado el año de 1531. Ese año ya era escribano en Mondragón. Al parecer murió después de 1576, pues se le distingue en ese año de su hijo "Pedro Ochoa de Santamaría, el menor" (c.1530).